La historia continúa en 1499, donde Ezio escapa de Roma con su tío Mario Auditore, quien lo lleva a la villa ubicada en Monteriggioni. La villa termina siendo atacada por César Borgia, hijo de Rodrigo Borgia quien ahora es el Papa Alejandro VI. César finalmente consigue hacerse con el Fruto del Edén. Por su parte, Ezio intenta convencer a Maquiavelo de que tiene todo lo necesario crear una Hermandad lo suficientemente poderosa como para destruir a los Templarios y sus nuevos enemigos, Los Borgia.
