Desmond Miles logra escapar de los laboratorios Abstergo con la ayuda de una asesina infiltrada, Lucy Stillman. Juntos se trasladan a una nueva locación con el objetivo de destruir a la corporación Abstergo, lo que puede ser posible gracias a una evolución del Animus; el llamado «Animus 2.0». En este nuevo buscador genético, logran dar con el recuerdo de Ezio Auditore, quien vivió en la Italia del renacimiento y se unió a la hermandad luego de que su familia fuese brutalmente asesinada.
